剑麻斑马纹病菌EST—SSR标记开发与评价
摘 要 剑麻斑马纹病是剑麻生产中具有破坏性的一种真菌病害。本研究从GenBank（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest）中随机下载10 525条寄生疫霉EST序列，经过去冗余处理后得到5 519条无冗余EST。利用MISA（MIcroSAtellite identification tool）软件进行SSR发掘，从中共搜索到199个1～6碱基SSR，其中三核苷酸重复基元类型最多，共鉴定到55个，占SSR总数的27.6%；其次是二核苷酸重复基元类型和单核苷酸重复基元类型，分别鉴定到51和47个，各占所鉴定SSR总数的25.6%和23.6%。进一步分析表明，AG/CT二核苷酸重复基元类型为优势重复类型，占二核苷酸SSR总数的76.5%。而AAG/CTT和AGC/CTG 2个基元类型在三核苷酸中出现频率最多，分别为15和11次，分别占三核苷酸SSR总数的27.3%及20.0%。从鉴定的199个SSR中，选取含有SSR的合适区段设计了22对引物，并通过18个剑麻斑马纹病菌菌株的基因组DNA进行了评价，结果只有其中9对引物能从剑麻斑马纹病菌基因组DNA中有效扩增，其扩增移效率为40.9%。由此表明，利用此方法来开发剑麻斑马纹病菌的分子标记具有可行性，只是存在一个转移效率问题。
关键词 剑麻斑马纹病菌；表达序列标签（EST）；SSR；分子标记
中图分类号 Q78；S563.8 文献标识码 A
Abstract Zebra spot disease caused by Phytophora nicotianae var. parasitica（or Phytophora parasitica var. nicotianae）is the most serious and devastating fungi disease in sisal. In the present study， a total of 5 519 non-redundant P. nicotianae were generated from the 10 525 publicly available EST sequences by CAP3 software， which used to mine potential microsatellites by microsatellite identification tool（MISA）. A total of 199 SRR was found in P. nicotianae expressed-squence tags data. Of the 199 SSR， the most abundant SSR was the tri-nucleotide type， with the SSR numbers being 55， accounting for 27.6%， followed by the di-nucleotide and mono-nucleotide type， with the SSR numbers being 51 and 47， accounting for 25.6% and 23.6%. Among the di -nucleotide repeats， AG/CT was the most motifs and accounted for 76.5%....
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