猪流行性腹泻毒株S基因分离鉴定及序列分析
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摘要：根据NCBI上传的猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）[GenBank：JN547228（CH/S）]，设计引物对阳性病料进行鉴定并回收，与pMD18-T构建重组载体并测序。对猪流行性腹泻病毒的基因多样性及序列保守性进行分析，一是以经典毒株为主，包括CV777、KPEDV-9和CH/S株等为代表的G1基因型，另一种是以近几年分离的毒株为主，包括HB3-CH2012、CXHZ-CH2013、HNCZ-CH2013等为代表的G2基因型。基因同源性分析比较结果表明，这4株PEDV之间的序列同源性为97.6%～100.0%，与经典株CV777的同源性为92.7%～92.8%。同源分析显示，PEDV不同毒株间的基因同源性仍高度相似，但PEDV流行毒株已呈现进化分支的趋势。
关键词：猪流行性腹泻病毒;S基因;序列分析
中图分类号：S858.285.3 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2019）11-0071-03
猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）引起的猪流行性腹泻病（porcine epidemic diarrhea，PED）是一种高死亡率的肠道传染病，会在猪群中引起各个年龄段猪暴发急性腹泻，多发于仔猪和胎猪，其临床症状主要以猪水样腹泻、呕吐和脱水为主。1971年，英国首先报道了PEDV的暴发流行[1]，随后在比利时、德国、瑞士、日本、韩国等许多养殖大国出现报道[2-3]。1976年，中国大陆首次报道PED的发生与流行，1984年通过免疫荧光试验证实病原微生物为猪流行性腹泻病毒[4]。20世纪80年代后，我国不断有PED发生，其中26个省（市、自治区）都曾发生。20世纪90年代后期，猪传染性胃肠炎（华毒株）和猪流行性腹泻（CV777）二联灭活苗或弱毒苗，在我国开始大范围使用并取得良好免疫效果[5]。国内外对该病的研究和重视程度均远远不够，我国甚至没有把猪流行性腹泻列为国家动物法定传染病的一、二和三类疫病[6]。自2006年后，以经典毒株CV777基础研制的灭活苗或弱毒苗免疫效果下降，免疫过的猪场还出现多次猪流行性腹泻病的暴发。2010年起，猪流性腹泻病开始在全国大部分的主要养殖区出现，导致初生仔猪死亡率高达90%以上，全国仔猪死亡估计有上千万头[7-8]，给生猪养殖业造成了难以估量的经济损失。
PEDV属于冠状病毒科冠状病毒属，其中冠状病毒属分为α、β、...
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