桃仁红花煎治疗心血管疾病的计算药理学研究
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摘 要：通过理论计算方法研究桃仁红花煎治疗心血管疾病的药理学行为。首先将从桃仁红花煎各味中药中分离得到的672个小分子与30个与心血管疾病有关的靶标（55个结合位点）进行初步对接，筛选出活性成分，构建小分子””靶标相互作用网络；接下来将虚拟筛选出来的活性较高的分子与部分靶标作进一步的精细对接，研究其相互作用机理，为治疗心血管疾病的新药设计和开发提供指导。
关键词：桃仁红花煎；心血管疾病；分子对接；计算药理学
桃仁红花煎出自《素庵医案》，主要由红花、当归、桃仁[1]、香附、延胡索、赤芍、川芎、丹参[2]、青皮、生地黄组成。以桃仁、红花为主药，配香附、延胡索、青皮行气以活血，丹参尤属要物，研究表明其对心血管疾病有较好的治疗作用，与赤芍配伍有抗凝血作用，而与川芎、赤芍、生地黄等配伍则有预防血栓形成的功效。临床表明桃仁红花煎具有降低血压、有效对抗动脉粥样硬化、保护心血管的效果[3]。然而对该方剂具体的药理学研究很少。中药体系成分复杂，具有与多种药靶作用，调控多种生物途径的复杂作用机理，因此在分子水平研究中药作用机理有很大的难度。近年来，随着计算化学的发展，人们已经注意到通过计算药理学研究探讨中药可能的作用机理[4-7]，对中药现代化研究可能是一条有效的途径。
本文利用桃仁红花煎已分离得到的672个化合物分子，再结合一些重要的与心血管疾病有关的靶标，运用理论计算方法研究桃仁红花煎的药理学性质，并筛选出活性成分，为新药的设计与开发提供指导。
1 桃仁红花煎中有效成分的虚拟筛选
1.1 桃仁红花煎中含有小分子化合物的收集
通过查阅大量文献和数据库搜集到中药方剂桃仁红花煎中十味中药中已分离得到的化合物672种，均已被确定结构。然后用Cerius2软件对结构进行优化，并对最优构象进行加氢及能量优化，保存为TRHHJ.sd文件。
1.2 分子对接与打分
在DrugBank数据库及PDB数据库筛选出30个与心血管疾病相关的靶标，其中包括环氧化酶、白细胞介素、血管紧张素转化酶、肿瘤坏死因子等30个靶酶，共55个结合位点。将672个化合物分子与靶标蛋白的55个结合位点在Cerius2的LigandFit模块下进行对接。对接之前，首先需对靶标蛋白进行...
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