烟草不同部位内生细菌的多样性

材料写作网    时间: 2020-02-12 04:06:54     阅读:次

　　摘要： 为了揭示烟草不同器官中内生细菌的分布规律，应用Illumina测序平台的MiSeq高通量测序仪对烟草根、茎、叶中内生细菌的16S rDNA-V4区扩增子进行测序，对测得数据进行生物信息学分析，评价物种α多样性和β多样性。经FLASH软件对序列进行拼接，茎、叶、根样品分别获得36 129、60 312、52 573条原始序列，经Qiime软件过滤，再剔除宿主的叶绿体和线粒体序列，最终分别得到35 190、58 938、51 268条有效序列，在97%的序列相似性水平上，这些有效序列被Uparse软件划分为1 447、1 141、1 220个操作分类单元（OTUs）。序列比对结果表明，在根、茎、叶中芽球菌属（Blastococcus）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）为优势...

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