基于生物信息学分析肝细胞癌中lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络
张 政，卢鸿健，李明慧，高文博，田 宇，王嘉祺，张荣花，章广玲
(1.华北理工大学临床医学院/河北省医工融合精准医疗重点实验室，河北 唐山 063000；
2.华北理工大学基础医学院/河北省慢性疾病基础医学重点实验室，河北 唐山 063210)
肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是世界上常见的恶性肿瘤之一，占原发性肝癌的75%～85%。GLOBOCAN 的最新统计数据显示[1]，2020 年全球HCC 新发病例达91 万，死亡病例83 万，分别居肿瘤新发病率第6 位、死亡率第3 位；
我国人口占世界的18%，但新发病例占全球的45%。HCC 的发生发展过程复杂，是一种异质性较高的癌症，大多数发现时已是中晚期，错过了手术的最佳时间且预后较差，其5 年总生存率只有12%[2]。因此，寻找HCC 发展过程中有效的靶点和信号通路并进行相应干预，对延缓HCC 的进展或者逆转具有重要意义。研究表明[3]，非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA）包括长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）和微小RNA（microRNA，miRNA）等，其可能在HCC 的发生发展中发挥了重要的作用。miRNAs 分子由18～25个bp 组成的非编码RNA，能够通过碱基互补配对与靶基因的3" 端非编码区（3"untranslated region，3"UTR）特异性结合，沉默或降解靶mRNAs 从而影响其翻译功能。lncRNAs 分子是一种长度超过200 bp 的非编码核苷酸，含有miRNAs 的结合位点，可以作为miRNAs 的'海绵“吸附miRNAs，从而竞争性抑制miRNAs 对靶mRNAs 的作用[4]。本研究拟通过生物信息学方法探究癌症基因组图谱（TCGA）数据库中HCC 组织中差异表达的基因，并构建lncRNAmiRNA-mRNA 调控网络，为靶向诊断和治疗HCC提供科学依据。
1.1 HCC 组织中差异表达基因的筛选 利用R 软件DESeq2 包分析TCGA 数据库中374 例HCC 组织与50 例正常肝组织中lncRNAs、miRNAs、mRNAs 的表达谱。使用R 软件ggplot2 包对表达谱数据绘制火山图，以|Log2FC|＞1（fold change 差异倍数大于2 倍）且P＜0.05 作为筛选标准。
1.2 miRNAs 转录因子的预测 利用FunRich 软件预测差异表达miRNAs 的转录因子，根据其所调控的基因数和值进行排序，选取富集程度最显著的前10 个转录因子进行展示。
1.3 基因功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析 利用R 软件clusterProfiler 包分别分析miRNAs、mRNAs 各基因之间潜在的影响，并...
|
== 试读已结束，如需继续阅读敬请充值会员 ==
|
|
本站文章均为原创投稿，仅供下载参考，付费用户可查看完整且有格式内容！
(费用标准：38元/2月，98元/2年，微信支付秒开通！) |
| 升级为会员即可查阅全文 。如需要查阅全文，请 免费注册 或 登录会员 |
|
